حاج شيخ عبدالكريم حائري
پس از رحلت ميرزاي قمي، حوزه علميه يك بار ديگر رونق خود را از دست داد. اين دوره فترت، در حدود يك قرن به طول انجاميد تا در سال 1340 هجري، آيت الله حاج شيخ عبدالكريم حائري يزدي، توانست حوزه علميه را رونق بخشيده و محلي براي تدريس علوم مذهبي گرداند تا جايي كه او را مؤسس نوين حوزه علميه مي دانند. حاج شيخ عبدالكريم در سال 1276 هجري در قريه مهرجرد از توابع ميبد متولد و پس از گذراندن تحصيلات مقدماتي، جهت كسب علوم مذهبي در حوزه هاي شيعي به عراق عازم گرديد. پس از بازگشت از عراق، مدتي را به دعوت حاج سيد اسماعيل عراقي در اراك به تدريس مشغول گرديد، و سر انجام با قبول تقاضاي علماي مقيم شهر قم، در آن شهر ساكن شد. رونق مجدد حوزه علميه، بناي بيمارستانهاي فاطمي و سهاميه كه به تشويق آيت الله حائري و توسط دو فرد خيّر ساخته شد، در كنار تعمير مدارس قديمي از اثرات حضور آيت الله حائري در شهر قم بود و نقش اساسي را در جريان سيل 1313 ه . ش. در جمع آوري كمكهاي مردمي، و بازسازي اين شهر به عهده داشت.
حضور حاج شيخ عبدالكريم حائري و مرجعيت يافتن ايشان، همزمان با به قدرت رسيدن رضاخان بود و سياست مدبرانه اي كه وي در پيش گرفت علاوه بر نجات حوزه از خطر نابودي، رونق دوباره اي نيز به آن بخشيد. حاج شيخ عبدالكريم حائري در 17 ذي القعده سال 1355 هجري در قم رحلت يافت و در محل تدريس خود، مسجد بالاسر، به خاك سپرده شد.